Incapacidades laborales: quién paga y cómo se liquidan

Incapacidades laborales: quién paga y cómo se liquidan

Un empleado entrega un certificado médico de diez días y quien liquida la nómina tiene que resolver tres cosas antes de cerrar el periodo: si esos días se pagan, quién los paga y sobre qué valor se calculan. Las dos respuestas equivocadas son frecuentes y caras. Pagar los diez días al 100 % por cuenta de la empresa convierte un evento de doscientos mil pesos en un costo sin reembolso. Descontarlos como ausencia injustificada convierte una incapacidad en un reclamo. Aquí están los tres casos —enfermedad general, accidente laboral y licencia—, la liquidación de cada uno, un ejemplo completo de diez días y los documentos que sostienen el pago.

Qué es una incapacidad y qué tipos existen

Una incapacidad es el reconocimiento médico de que una persona no puede prestar el servicio durante un periodo determinado. No rompe el contrato: lo que se suspende es la obligación de trabajar, no el vínculo. Esa diferencia tiene consecuencias prácticas. Si el vínculo sigue vivo, el trabajador conserva sus garantías y la empresa conserva sus obligaciones.

Llegan a la misma bandeja cuatro situaciones que no se liquidan igual. Enfermedad general, accidente de trabajo y enfermedad laboral son incapacidades. La licencia de maternidad y la de paternidad son otra figura, con otra duración y con un pagador distinto. Tratarlas como un solo bloque es el origen de la mayoría de los errores de nómina en este tema.

Ninguna de las cuatro es una ausencia injustificada. Los días de incapacidad no se descuentan como falta, no se marcan como inasistencia y no se compensan con vacaciones. Cuando la nómina los trata como ausencia, el trabajador pierde el pago y la empresa gana un problema que antes no tenía.

Enfermedad general: los tres días del empleador y el 66,67 %

Es el caso más común y el que más se liquida mal. Los tres primeros días corren por cuenta del empleador, al 100 % del salario. Desde el cuarto día paga la EPS, con un reconocimiento del 66,67 % del salario base de cotización. No es un castigo ni una sanción: es un reparto de riesgo. La empresa asume el evento corto, que es frecuente y de bajo monto; el sistema asume el evento largo, que es menos frecuente y puede durar semanas o meses.

Ese 66,67 % equivale a dos terceras partes del salario base. La consecuencia para el trabajador es directa: durante los días que paga la EPS deja de recibir un tercio de su base. Si la empresa decide completar la diferencia, es una decisión suya y no una obligación que se derive de ese reparto; conviene dejarla por escrito, porque un pago voluntario repetido se vuelve expectativa y después se reclama como derecho.

Dos precisiones que evitan discusiones. Primera: el cambio de pagador ocurre en el día cuatro, no en el día tres ni en el cinco; contar mal el día de inicio corre el tramo completo. Segunda: el porcentaje se aplica sobre el salario base de cotización, no sobre lo que el empleado ve en su cuenta.

Accidente de trabajo y enfermedad laboral: la ARL desde el día uno

Aquí no hay tres días de por medio. Cuando el origen es un accidente de trabajo o una enfermedad laboral, paga la ARL desde el primer día y al 100 % del salario base. El empleador no asume el tramo inicial, y el trabajador no pierde el tercio que pierde en enfermedad general.

La diferencia entre accidente y enfermedad laboral está en cómo se manifiesta, no en quién paga. El accidente es un evento súbito, con fecha y hora: la caída, el golpe, el corte. La enfermedad laboral es un deterioro gradual, asociado a la exposición repetida en el trabajo. En los dos casos el pagador es la ARL y el porcentaje es el mismo; lo que cambia es la forma de documentar el origen.

Ese origen es la decisión más costosa de todo el proceso. Un caso calificado como enfermedad general cuando en realidad fue un accidente cuesta al trabajador el 33,33 % de su base y le traslada a la empresa los tres primeros días. Por eso el reporte del accidente a la ARL no es un trámite administrativo: es el acto que abre la cobertura.

Licencia de maternidad y paternidad: pagan distinto y por eso se confunden

La licencia de maternidad es de 18 semanas remuneradas al 100 %, y el parto múltiple amplía el periodo. La licencia de paternidad es de 2 semanas. Las paga la EPS con cargo al sistema, no la empresa con recursos propios. Aun así, pasan por la misma ventanilla de radicación que una incapacidad y por eso se terminan mezclando en la nómina.

El error típico es liquidarlas como si fueran vacaciones o como si fueran una incapacidad común. No son lo uno ni lo otro: no son descanso acumulable y tampoco llevan el 66,67 %. Son licencias al 100 %, con una duración fija que la empresa no negocia ni prorroga por decisión propia.

Hay un detalle que se pasa por alto: el periodo se cuenta en semanas completas, y cuando el parto es múltiple la ampliación modifica la fecha de regreso. Esa fecha es la que dispara la reincorporación, el reemplazo y la provisión del cargo. Manejarla a ojo produce pagos de más, pagos de menos y reintegros que nadie cuadra después.

Cómo se calcula la base y por qué el salario neto no sirve

La base de la liquidación es el salario base de cotización: el mismo valor sobre el que se aporta al sistema, no el salario neto que llega al bolsillo. Es la confusión más extendida y la que produce pagos por debajo de lo debido. Si la empresa liquida sobre el neto, el trabajador recibe menos de lo que le corresponde y la diferencia queda como un pasivo silencioso que aparece en un reclamo.

El razonamiento es sencillo. Las deducciones —aportes del trabajador, retención y demás descuentos— no reducen la base de cotización; se aplican después de haber determinado esa base. Un empleado con base de 2.000.000 puede ver en su cuenta bastante menos, pero su incapacidad se liquida sobre 2.000.000.

Cuando el ingreso es variable, porque hay comisiones, horas extra o pagos variables, la base cambia de un periodo a otro. En ese caso la liquidación debe tomar la base del periodo que corresponde y no un promedio inventado por la empresa. Si el caso es complejo, el camino corto es confirmar con el contador la base certificada antes de liquidar.

Ejemplo completo: una incapacidad de diez días por enfermedad general

Salario base de cotización: 2.000.000. Incapacidad por enfermedad general: 10 días. Primero se obtiene el valor de un día, dividiendo la base entre 30: 2.000.000 / 30 = 66.666,67. Ese valor diario es la pieza que se repite en los dos tramos.

Días 1 a 3, a cargo del empleador, al 100 %: 66.666,67 × 3 = 200.000. Días 4 a 10, a cargo de la EPS, al 66,67 %: 66.666,67 × 7 = 466.666,67, y ese valor multiplicado por 0,6667 da 311.133. El total reconocido es 511.133.

La última cuenta es la que casi nadie hace y la que explica el reclamo. Si el trabajador hubiera estado activo los diez días habría recibido 666.667. Recibe 511.133. La diferencia, 155.534, es el tercio de la base que se pierde en los siete días que paga la EPS. No es un error de la empresa ni un descuento: es el efecto del porcentaje.

El mismo caso, pero por accidente laboral

Los mismos 2.000.000, los mismos 10 días, el mismo trabajador. Cambia el origen: en lugar de una enfermedad general, es un accidente de trabajo. Ahora paga la ARL desde el día 1 y al 100 %. La cuenta es una sola: 2.000.000 / 30 × 10 = 666.667.

Compare los dos resultados. El trabajador recibe 155.534 más por el mismo tiempo fuera del puesto. La empresa paga 200.000 menos, porque no asume los tres primeros días. El evento es idéntico en duración y distinto en origen; el efecto económico se invierte para las dos partes.

Qué pasa con vacaciones, prima y cesantías durante la incapacidad

Durante la incapacidad no se causan vacaciones por esos días. El derecho vacacional se alimenta de tiempo efectivamente trabajado, y un día de incapacidad no lo es. Lo que sí ocurre es que las vacaciones ya causadas se conservan: la incapacidad no borra el descanso que el trabajador ya había ganado.

Esa regla tiene una consecuencia contable que se ve meses después. Si la empresa sigue causando vacaciones como si la persona hubiera estado en el puesto, acumula un pasivo que no corresponde y lo descubre cuando el empleado sale y se liquida el final. Corregirlo entonces cuesta más que hacerlo bien en el momento.

Con prima y cesantías la ficha no fija una regla única, y por eso conviene no improvisar. El valor reconocido entra a la nómina del periodo y su efecto en la provisión depende de cómo se haya configurado la liquidación. Antes de decidir, confirme con su contador cómo se refleja ese pago en cada provisión; es una conversación de diez minutos que evita un ajuste de varios meses.

Lo que no admite discusión es el tratamiento de los días como falta. No se descuentan de la prima de asistencia si la empresa la tiene, y no se marcan como inasistencia. Descontarlos es el error que más rápido termina en reclamación, porque el trabajador lo ve en el volante y tiene el certificado en la mano.

Obligaciones del empleador: reportar, radicar y pagar a tiempo

La empresa tiene tres frentes y ninguno es opcional. Primero, reportar el accidente a la ARL: ese reporte es el que activa la cobertura y el que fija la fecha del evento. Segundo, gestionar la incapacidad ante la EPS: radicar el certificado y hacer seguimiento hasta que la prestación quede reconocida. Tercero, pagar en la fecha habitual los días que le corresponden.

El expediente es lo que sostiene todo lo anterior. El certificado de incapacidad, el reporte del accidente, la radicación y las respuestas de la EPS o la ARL deben quedar archivados. Cuando el caso se discute un año después, la empresa que tiene el expediente completo discute sobre criterios; la que no lo tiene discute sobre si el hecho existió.

Un punto de criterio: no conviene condicionar el pago al trabajador a que la EPS reembolse primero. Son dos momentos distintos, y mezclarlos deja al empleado sin ingreso por un trámite que no controla.

Obligaciones del trabajador: el certificado y la cotización al día

El trabajador aporta el certificado de incapacidad; sin ese documento la empresa no tiene soporte para pagar ni para radicar. La entrega tardía retrasa todo el circuito y abre la discusión sobre quién asume el tiempo perdido. La recomendación práctica es fijar por escrito un plazo interno de entrega y recordarlo en el reglamento, no improvisarlo caso por caso.

El otro requisito es del sistema, no del trabajador: para reconocer la prestación la EPS exige cotizaciones al día y el certificado. Una empresa que radica con aportes en mora recibe una objeción y el pago se detiene, aunque la incapacidad sea legítima y el certificado esté en orden. La mora en aportes no perjudica solo a la empresa: deja al trabajador esperando un dinero que ya debía haber recibido.

Despido, fuero y los riesgos de decidir en caliente

No se puede despedir a un trabajador por estar incapacitado ni por su estado de salud. Hacerlo expone a la empresa a indemnización y a sanción. La prohibición no depende de que la incapacidad sea corta o larga: el estado de salud no es una causa válida para terminar el contrato.

En ciertos casos el trabajador conserva fuero, y ahí el margen de la empresa se estrecha todavía más. Cuando hay fuero, el despido no se resuelve pagando una indemnización: se discute la validez misma de la terminación. Es la razón por la que estos casos se vuelven costosos incluso cuando la empresa cree tener argumentos.

El patrón que se repite es siempre el mismo. La empresa necesita reemplazar a la persona, alguien propone terminar y volver a contratar cuando se recupere, y la conversación se hace en la semana en que el certificado está vigente. Ese es el peor momento posible. Si el reemplazo es urgente, la vía es otra: un reemplazo temporal, un encargo o una redistribución de tareas, con el vínculo intacto.

Errores que terminan en demandas

Los errores de este tema no se descubren en la auditoría, se descubren en el reclamo. Casi todos tienen la misma forma: una decisión tomada rápido, en la nómina, sin revisar el soporte. Estas son las que más se repiten y lo que cuestan.

Hay un error de forma que alimenta a todos los anteriores: no dejar rastro. La empresa que resuelve por teléfono, paga sin radicar y no archiva nada queda sin defensa cuando el caso se revisa. El soporte no es burocracia; es la única prueba de que la decisión fue la correcta.

Un cierre honesto antes de decidir

Este texto no es asesoría legal y no reemplaza la revisión de un abogado laboral ni de su contador. Los porcentajes y las semanas citados son los de la ficha de este artículo; los valores y los calendarios que cambian cada año deben verificarse en el valor vigente del año en que ocurre el caso.

Hay situaciones en las que esto no aplica tal cual. Si el origen está en discusión —un accidente reportado como enfermedad, o al revés—, el problema deja de ser de nómina y pasa a ser de calificación, con criterios médicos y legales. Si las cotizaciones están en mora, el circuito se rompe antes de empezar. Si el trabajador tiene fuero, cualquier decisión sobre el vínculo necesita revisión previa.

Lo que sí puede hacer hoy, sin depender de nadie, es ordenar el expediente: certificado, reporte, radicación y respuesta, caso por caso. Cuando la nómina, la contabilidad y el inventario trabajan sobre los mismos datos, ese orden se sostiene solo; Kardex Tauro cubre esas tres áreas para pymes colombianas y deja el expediente laboral donde su contador lo pueda encontrar.

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